En fiskgjuseunge som låg i boet hade det ena benet stelt och bakåtriktat på samma sätt som fåglarna håller benen under flykten. Om det var en medfödd defekt eller att ungen som mycket späd hade trampats och skadats av en förälder eller på annat sätt gick inte att utröna. Några gånger har vi funnit halvstora döende och döda ungar i fiskgjusebon. Orsaken har ibland kunnat härledas till att ungarna dött av svält efter veckolånga regnperioder. Orsaken till ungarnas död var att föräldrafåglarna inte lyckats fånga fisk på grund av regnet då fiskarna går på djupare vatten och inte går att upptäcka. Dessutom blir ungarna blöta och kyls snabbt ner då båda föräldrafåglarna måste försöka skaffa mat och därför inte kan skydda ungarna. Det här är ett fenomen som förekommer hos många fågelarter med öppna bon.

Under 1970 talet samlade ringmärkare runt om i landet in ägg och äggskal från fiskgjusebon på uppdrag av Naturhistoriska Riksmuseet. Forskningen visade på olika skador som äggskalsförtunning, avstannad fosterutveckling och höga halter av bl.a. DDT, PCB och metylkvicksilver. I vilken omfattning miljögiftspåverkan av organiska gifter minskat på fiskgjusen är inte känt eftersom miljön hela tiden tillförs nya för fortplantningen farliga ämnen. Ett eller annat obefruktat ägg och misslyckade häckningar förekommer då och då hos alla arter.